溫室使用移動苗床經常種植單一作物（同一種或同一科），時間一長便會產生所謂的連作障礙。連作會導致土壤理化性質變壞，土壤中營養元素失去平衡，植物根系分泌的毒素積累等，對作物造成危害。防止連作障礙的主要措施是土壤消毒和作物嫁接換根。

①土壤消毒

物理消毒法：利用太陽能在夏季溫室休閑期進行土壤深翻暴曬。

化學藥劑消毒:溫室土壤消毒用的藥劑主要有石灰氮、威百畝、棉隆福、爾馬林等。

②嫁接換根

用抗病的物種或品種作佔木，以栽培品種作接穗實行嫁接育苗，可防止黃瓜枯萎病、茄子黃萎病、番茄褐色根腐病等病害。